يمكن استخدام التشفير في تأمين الوصول إلى الخوادم عن طريق تطبيق برتوكول HTTPS الذي يستخدم تشفير SSL أو TLS لتأمين الاتصال بين المتصفح والخادم باستخدام شهادة SSL والتي تتيح تشفير البيانات المرسلة والمستقبلة بين المتصفح والخادم. كما يمكن استخدام بروتوكول SSH المشفر لتأمين الاتصالات بين الأجهزة البعيدة والتحكم الآمن في الخادم. كما يمكن استخدام تقنيات التشفير الأخرى مثل IPsec و OpenVPN لتشفير حركة المرور على الشبكة بين الخوادم والعملاء وتأمين الوصول إلى الخوادم.
