من أبرز عيوب القواعد التطبيقية:
1- تعتمد القواعد التطبيقية على البيانات والمعلومات المتاحة في الوقت الحالي، وقد تصبح قديمة وغير صحيحة في المستقبل.
2- يمكن أن تكون القواعد التطبيقية معقدة وصعبة الفهم والتطبيق.
3- قد يكون هناك أخطاء برمجية في صياغة القواعد التطبيقية التي تؤثر على النتائج.
4- قد يصعب تكييف القواعد التطبيقية مع المتغيرات الجديدة أو التغييرات الدائمة في البيئة المحيطة.
5- قد تتعارض القواعد التطبيقية مع بعضها البعض مما يؤدي إلى النتائج الخاطئة.
6- قد تتطلب القواعد التطبيقية التدخل البشري لاتخاذ قرارات أكثر مرونة وتقييم دقة النتائج.