تتضمّن طرق تحليل وتشخيص البروتينات بواسطة الكيمياء الفوق جزيئية العديد من الطرق والتقنيات، ومن أهمها:
1- الكروماتوغرافيا السائلة العالية الأداء (HPLC): وهي طريقة لفصل البروتينات وتحليلها بواسطة تمرير المحلول الخلطي عبر ع colonne تحتوي على مادة ملئية يتفاعل معها البروتينات، ويمكن تحليل وتمييز المكونات بعد تفريغها في مكوناتها الفردية.
2- التحليل الطيفي: وتشمل طيف الأشعة فوق البنفسجية/المرئي (UV/Vis) والرامان والجزيئي والفراغي والتفرع الزمني.
3- التحليل النووي المغناطيسي الرنحي: وهو يشمل التحليل بالرنين المغناطيسي للبروتينات لتحليل هذه البروتينات بشكل دقيق.
4- التحليل الضوئي: حيث يستخدم فحص الضوء المنبعث من البروتين بينما يمر عند أطوال موجية معينة، مما يساعد في تحديد هيكل البروتين والعديد من خصائصه المختلفة.
5- الطيف الصادم على المدى القصير البعيد (FDS): وهي تكنولوجيا تقوم على تحليل تفاعل الجزيئات الدقيقة مع الضوء ذو الطول الموجي المشابه للحجم الجزيئي للجزيئات، ويمكن استخدامها للكشف عن التغييرات في البروتين بأعلى دقة على مستوى البيولوجيا الفوق جزيئية.
