تحتوي الساعة الجزيئية على بعض الحدود، بما في ذلك:
1. الدقة: يجب أن يتم تصميم الساعة الجزيئية بدقة عالية بحيث يمكنها قياس الوقت بشكل دقيق.
2. الثبات: يجب أن تكون الساعة الجزيئية ثابتة ومستقرة على المدى الطويل حتى لا تتغير سرعتها أو دقتها.
3. الاستجابة: يجب أن تكون الساعة الجزيئية قادرة على الاستجابة السريعة لأي تغيير في معدل تدفق الجزيئات المستخدمة فيها.
4. الاستخدام: يجب أن تكون الساعة الجزيئية قابلة للاستخدام في مجموعة متنوعة من التطبيقات، بما في ذلك الكشف عن المواد الضارة وتحديد المسافات بين الأجسام في الفضاء.