تطبيقات نظرية الأعداد واسعة ومتنوعة في علم الرياضيات ، وتشمل :
1- تشفير المعلومات والتحقق الخاص بالتوقيع الرقمي والأمان السيبراني.
2- تصميم نظم المفاتيح العامة والخاصة.
3- العمليات الحسابية في الكمبيوتر والعلوم المالية.
4- التشفير في الاتصالات الهاتفية والإنترنت.
5- البحث عن الأرقام الأولية كجزء من التصفية للأرقام الكبيرة.
6- تصميم اللعب الإلكترونية والألعاب المستندة إلى الأرقام.
7- الحسابات المالية والمحاسبية.
8- تحليل الخوارزميات وتصميمها في العلوم الحاسوبية.
9- دراسة النماذج العلمية المختلفة.
10- نظرية الكود والتشفير القائم على الماتريكس.