توجد العديد من التحديات والمشكلات المتعلقة بالتجارة الحرة، ومن أهمها:
1- المنافسة الشديدة: قد تؤدي التجارة الحرة إلى تحديد أسعار أقل وزيادة الاختلاف في الجودة، مما يجعل المنافسة أكثر حدة وصعوبة على الشركات المحلية.
2- نقص في فرص العمل: يمكن أن يؤدي انفتاح الأسواق وتعزيز الشركات الدولية إلى إزالة بعض الوظائف في البلدان التي لديها عمالة قليلة وأجور عالية.
3- الحماية الاجتماعية: في أحيان كثيرة، تؤدي الرغبة في التجارة الحرة إلى إزالة بعض الحماية الاجتماعية التي توفرها الدولة للمواطنين.
4- الضرر البيئي: قد يساهم قسم كبير من التجارة الحرة في الضرر البيئي، على سبيل المثال عندما تتداول الشركات في الإنتاج ذي الكفاءة العالية مقابل ضررها على البيئة.
5- الإنحياز التجاري: قد يزيد فرض الرسوم الجمركية والحواجز التجارية من الإحجام عن بعض الشركات الصغيرة وعدم فرص الاستفادة الكاملة بسبب عدم الحصول على المستندات اللازمة.
6- الاعتماد الزائد على بعض الدول: قد يؤدي الاعتماد على بعض الدول في التجارة الحرة إلى زيادة الهيمنة الأجنبية على الاقتصاد.
