المحاكاة المساعدة بالحاسب الآلي في علم الكمبيوتر الحيوي (Computational Biology) هي عبارة عن استخدام الحاسب الآلي لإنتاج نماذج رياضية تحاكي عمليات حيوية طبيعية مثل التفاعلات الكيميائية في الخلايا، تفاعلات البروتينات والجينات، توزيع المكونات الخلوية، وغيرها. تستخدم هذه النماذج لفهم وتحليل الظواهر الحيوية المختلفة وتصميم علاجات جديدة للأمراض والتحقق من فعالية الأدوية المختلفة وتحسين عمليات الإنتاج الحيوي. كما يستخدم هذا النوع من المحاكاة في البحث العلمي في مجال الجينوم والبروتيوم والتصنيف التصاعدي وتحليل التسلسلات الجينية.
