تواجه صناعة الإلكترونيات في الهندسة الصناعية الإلكترونية عدة تحديات من بينها:
1- المنافسة القوية من الدول الأخرى في صناعة الإلكترونيات.
2- نقص في القوى العاملة المؤهلة والخبيرة في هذا المجال.
3- تعقيدات في تطبيق التكنولوجيا الجديدة مثل الذكاء الاصطناعي والإنترنت الأشياء.
4- تفشي العديد من المشاكل البيئية المرتبطة بصناعة الإلكترونيات مثل التلوث والنفايات الإلكترونية.
5- عدم التطور والاستثمار في البحث العلمي والابتكار في هذا المجال.