تشمل الأدوات الأساسية للكيمياء الفوق جزيئية:
1- طيف الأشعة فوق البنفسجية والمرئية والتحت الحمراء: وهو يستخدم لتحديد خصائص الجزيئات والتعرف على الروابط الكيميائية بينها.
2- الكروماتوغرافيا الغازية: وهي تقنية تستخدم لفصل المركبات وتحديد تركيبها.
3- المطياف الكتلي: وهو يستخدم لتحليل المركبات الكيميائية وتحديد تركيبها الدقيق.
4- النانوتكنولوجي: وهي تقنية تستخدم لتصميم وتصنيع المواد النانوية ودراسة خصائصها.
5- التنقية الكيميائية: وهي تقنية تستخدم لتنقية المركبات الكيميائية من الشوائب والمواد الأخرى.
