تواجه الموارد المائية في المغرب العديد من التحديات الهامة، ومن أهمها:
1- التغيرات المناخية والجفاف: تتأثر الموارد المائية في المغرب بشدة بالتغيرات المناخية والجفاف الذي يعاني منه البلد، مما يؤدي إلى نقص في كميات المياه وتدهور جودة المياه المتاحة.
2- زيادة الاستخدامات المائية: تشهد المناطق الحضرية والزراعية في المغرب زيادة مستمرة في استخدامات المياه، مما يزيد الطلب على المياه ويؤدي إلى ندرة المياه.
3- التلوث: تعاني الموارد المائية في المغرب من تلوث بسبب التصريفات الصناعية والمنزلية والري الزراعي، مما يؤدي إلى تدهور جودة المياه وتأثيرها على الصحة العامة والبيئة.
4- تقنين استخدام المياه: يوجد في المغرب نظام تقنين للاستخدامات المائية يحدد حصص المستخدمين وتواريخ الري، وهذا يعمل على فقدان كميات كبيرة من المياه بسبب إهمال أنظمة الري وانعدام الإدارة الفعالة للموارد المائية.
5- نقص الاستثمار: يواجه قطاع المياه في المغرب نقصًا في الاستثمارات المالية والتقنية، وهذا يؤدي إلى تأثير سلبي على تطوير وتحسين البنية التحتية للموارد المائية وزيادة الإنتاجية والكفاءة في استخدام المياه.