تواجه التعليم الخاص في التربية الخاصة عن بعد عدة مشكلات ومنها:
1- ضعف التفاعل الاجتماعي بين الطلاب والمدرس، حيث يصعب على الطلاب التفاعل مع المدرس بشكل مناسب والتأقلم مع الطريقة الجديدة للتعلم.
2- عدم استخدام بعض التقنيات الحديثة في التعليم الخاص، مما ينعكس سلباً على جودة التعليم والتفاعل بين الطلاب والمدرس.
3- عدم توفير بعض المعدات الخاصة التي تستخدم في التعليم الخاص والمساعدة على تحسين قدرات الطلاب، والتي تؤدي إلى تعطيل التعليم عن بعد وعدم توفير فرصة تعلم مناسبة للطلاب.
4- صعوبة في متابعة تقدم كل طالب عن بعد، وصعوبة القياس على الأداء الحقيقي لكل طالب، مما يجعل الأهل والمدرسين يشعرون بالقلق حول إضاعة عام دراسي.
5- الصعوبات المالية المرتبطة بتكاليف التعليم عن بعد، والتي تؤثر على الأهل والطلاب الذين لا يملكون وسائل تكنولوجية تناسب نوع التعليم والتفاعل.
6- صعوبة في تطبيق الخطط التعليمية والبرامج الدراسية بشكل سليم وفعال، وذلك لأن الطلاب يعتمدون بشكل كبير على مساعدة الآخرين في التعلم، ويصعب هذا في التعليم الخاص عن بعد.
