يمكن استخدام المركبات الأمفيفيلية في الكيمياء الفوق جزيئية بعدة طرق، وهي كما يلي:
1- الذاتية التجمع: يقوم المركبات الأمفيفيلية بالتجمع ذاتها وتشكيل تجمعات جزيئية واسعة النطاق تحوي على عدد كبير من المركبات، وبذلك يمكن استخدامها في تطبيقات مثل تحضير الأغشية النانوية وتحسين الخواص الفيزيائية للبوليمرات.
2- تحضير الميكروأشكال بطريقة ذاتية: يمكن استخدام المركبات الأمفيفيلية لتحضير الميكروأشكال الذاتية الطريق، والتي تمتاز بأنها تحوي عدد كبير من الأنماط الهندسية الودية، وتستخدم هذه الأشكال في العديد من التطبيقات مثل الأطباق الميكرونية والترانزستورات العضوية.
3- ضبط السطح: يستخدم المركبات الأمفيفيلية في ضبط السطح، وذلك بتشكيل بعض التغطيات الجزيئية على السطح، ويمكن استخدام هذه التغطيات في تطبيقات مثل التحكم في ترشيح الجزيئات وتشكيل الإمتزاز المتباين.
