تستخدم الأشعة الجاما في مجال الموارد المائية لتحديد مستويات التلوث في المياه وتحليل جودة المياه. يمكن استخدامها لتحديد تراكيز العناصر المعدنية المختلفة في المياه وتحديد مصادر التلوث ومساعدة في تطوير استراتيجيات لتحسين جودة المياه. كما يمكن استخدام الأشعة الجاما لتحديد كميات المياه المتوفرة في المناطق الجافة والصحراوية وتحديد مواقع المياه الجوفية.