يساعد التسلسل الزمني الوبائي في تحديد مصدر العدوى وإحداثيات الانتشار للحالات المرضية. ويمكن استخدام هذه المعلومات لتتبع المسارات الوبائية وتحديد نقاط الانتشار والعائلات الفيروسية المتداولة. كما يتم استخدام التسلسل الزمني لتحديد السلالات الفيروسية التي تطورت ومن ثم العمل على تطوير لقاحات فعالة وعلاجات جديدة وفعالة للأمراض. وتستند العديد من الممارسات الوبائية الحديثة إلى التسلسل الزمني لمساعدة السيطرة والوقاية من الأمراض المعدية.