التشفير والبرامج الخبيثة تلعب دوراً رئيسياً في الحروب السيبرانية. التشفير يستخدم في إخفاء معلومات حساسة أو تحويلها إلى رموز غير مفهومة، مما يجعل من الصعب على الخصم فك شيفرة المعلومات. من جهة أخرى، البرامج الخبيثة تهدف إلى اختراق أجهزة الكمبيوتر والأنظمة وتدمير البيانات أو سرقتها أو التجسس على المعلومات الحساسة. يستخدم القراصنة والمجموعات الإرهابية والدول في الحروب السيبرانية التشفير والبرامج الخبيثة لتنفيذ هجمات مدمرة على أهدافهم، حيث يمكن أن تسبب خسائر كبيرة في الأمن السيبراني، الاقتصاد والأمن الوطني.