تحسين شيفرة Python لاستخراج بيانات البروتينات من ملفين
في هذا السياق، يبدو أن هناك بعض الأخطاء في الشيفرة البرمجية الخاصة بك تؤدي إلى نتائج غير متوقعة. سأقدم لك شرحًا مفصلًا للكود وأقتراحات لتحسينه.
أولاً وقبل كل شيء، يجب عليك استخدام اسم المتغير الصحيح في الحلقة الخارجية (file2
)، حيث قد قمت باستخدام اسم out
بدلاً من file2
. بالإضافة إلى ذلك، يجب أن يكون لديك قائمة (List) لتخزين جميع البروتينات المتطابقة قبل كتابتها في ملف جديد.
فيما يلي نسخة معدلة من الشيفرة البرمجية الخاصة بك:
python# قم بفتح ملف file1 للقراءة
with open('file1', 'r') as file1:
# قائمة لتخزين البروتينات المتطابقة
matching_proteins = []
# اقرأ السطور من ملف file1
for line in file1:
# قم بتنظيف السطر وتقسيمه
line = line.strip().split()
# افتح ملف file2 للقراءة
with open('file2', 'r') as file2:
# اقرأ السطور من ملف file2
for l in file2:
# قم بتنظيف السطر وتقسيمه
l = l.strip().split()
# قارن البروتينات
if line[0] == l[0]:
# إضافة البروتين إلى القائمة
matching_proteins.append(line[0])
# افتح ملف file3 للكتابة
with open('file3', 'w') as file3:
# كتابة البروتينات المتطابقة إلى ملف file3
for protein in matching_proteins:
file3.write("{}\n".format(protein))
هذا التعديل يحل مشكلتك بتخزين البروتينات المتطابقة في قائمة (matching_proteins
) ثم كتابتها في ملف جديد (file3
). يرجى تجربة هذا الكود وإخباري إذا كانت هناك أي مشاكل أخرى.
المزيد من المعلومات
بالطبع، سأقدم لك المزيد من المعلومات حول الشيفرة البرمجية والتغييرات التي قمت بها لتحسينها.
-
استخدام
with
لفتح الملفات:
قمت باستخدامwith
statement لفتح الملفات. هذا يضمن أن يتم إغلاق الملفات تلقائيًا بمجرد الانتهاء من استخدامها. هذا يعزز الكفاءة ويحمي من نسيان إغلاق الملف.pythonwith open('file1', 'r') as file1: # كود معالجة ملف file1
وكذلك للملفات file2 و file3.
-
استخدام قائمة (
matching_proteins
) لتخزين النتائج:
قمت بإنشاء قائمةmatching_proteins
لتخزين جميع البروتينات المتطابقة بين الملفين. هذا يجعل من السهل إدارة النتائج واستخدامها فيما بعد.pythonmatching_proteins = []
-
كتابة النتائج في ملف جديد (
file3
):
بدلاً من كتابة كل بروتين منفصل في ملفfile3
، قمت بتكوين القائمةmatching_proteins
وثم كتابة القائمة كاملة في الملف. هذا يقلل من عدد عمليات الكتابة ويحسن الأداء.pythonwith open('file3', 'w') as file3: for protein in matching_proteins: file3.write("{}\n".format(protein))
-
تحسين التنسيق والتباين في الشيفرة:
قمت بتحسين التنسيق والتباين في الشيفرة لجعلها أكثر قراءة وفهمًا. هذا يساعد في صيانة الشيفرة على المدى الطويل ويجعلها أكثر أناقة.مثال:
pythonfor protein in matching_proteins: file3.write("{}\n".format(protein))
هذا هو توضيح إضافي للتعديلات التي تم إجراؤها على الشيفرة البرمجية. أتمنى أن تكون هذه التفاصيل إضافية قيمة لك، وإذا كان لديك أي أسئلة إضافية أو تعديلات تحتاج إليها، فلا تتردد في طرحها.