هناك عدة طرق تستخدم لحل المشاكل الكمومية في حسابات الكيمياء الحيوية، وتشمل:
1- طرق المجهول المتغير: حيث يتم استخدام مجموعة كبيرة من الحسابات الكمومية لحساب تفاعلات الجزيئات في النظام الحيوي. ومن خلال جمع و مقارنة النتائج التي تم الحصول عليها، يمكن العثور على قيمة المتغيرات الغير معروفة.
2- طرق التعرض المسحي: حيث يتم تمثيل الحالات المختلفة للجزيئات الحيوية باستخدام مجموعة من الدوال الموجية التي تمثل توزيعات الإلكترونات في النظام الحيوي. وبعد ذلك، يتم استخدام تقنيات التعرض المسحي لحصر المناطق التي تحتوي على الإلكترونات العالية الكثافة.
3- طرق مونتي كارلو: حيث يتم استخدام نتائج محاكاة العمليات الكيميائية و الفيزيائية في النظام الحيوي بطريقة عشوائية. وبعد ذلك، يتم تحليل النتائج المتحصل عليها للعثور على القيم المطلوبة.
4- طرق Hammerhof-Slater: حيث يتم استخدام قواعد الذرات والكتلة بالإضافة إلى قواعد النشاطات الكيميائية لتحليل النظم الحيوية وحساب تفاعلاتها.
5- طرق الشبكات العصبونية: حيث يتم استخدام الشبكات العصبونية لتحليل البيانات ومعالجة المعلومات، وذلك بتمثيل العمليات الكيميائية في النظام الحيوي باستخدام الشبكات العصبونية وتقديم النتائج في شكل نماذج رياضية.