تُستخدم الحواسيب الآلية في الفضاء لتنفيذ مهام مهمة مثل التحكم في المركبات الفضائية وإرسال البيانات إلى الأرض. ومن بين أهم التطبيقات:
1- التحكم في المركبات الفضائية للملاحة ومراقبة المواقع والاتجاهات المختلفة.
2- محاكاة الظروف الفضائية لاختبار الأنظمة الإلكترونية والكهربائية والميكانيكية المستخدمة في المهام الفضائية.
3- تحليل البيانات والصور المرسلة من المركبات الفضائية لفهم الشروط البيئية للكواكب والأجرام السماوية الأخرى.
4- معالجة الإشارات والبيانات المرسلة إلى الأرض من أجهزة استشعار فضائية وهذا يساعد على دراسة الأحوال الجوية والانبعاثات الكونية والأشعة السينية والمزيد.
5- الحسابات المتخصصة في الأنظمة الفضائية والتي تشمل على سبيل المثال حسابات التصحيح الخاصة بمدارات الأجرام الفضائية والآليات المرتبطة بها.