تلعب وكالات الاستخبارات دورًا حيويًا في الحروب السيبرانية، فهي تقوم بجمع المعلومات وتحليلها حول الهجمات السيبرانية والمهاجمين والأدوات والتقنيات التي يستخدمونها، وتقوم بمشاركة هذه المعلومات مع الجهات المختصة في الدولة لاتخاذ الإجراءات اللازمة لحماية الأنظمة والبنية التحتية.
وتعمل وكالات الاستخبارات بالتنسيق مع فرق الأمن السيبراني في القطاع الخاص لتبادل المعلومات وتحديد المواقع الهدف للهجمات السيبرانية. كما تحاول وكالات الاستخبارات العثور والتعرف على الدول والجماعات التي تقف وراء الهجمات السيبرانية والمتابعة والتحقق من عمليات القرصنة الإلكترونية قدر المستطاع.