تحسين شيفرة Python لاستخراج بيانات البروتينات من ملفين

في هذا السياق، يبدو أن هناك بعض الأخطاء في الشيفرة البرمجية الخاصة بك تؤدي إلى نتائج غير متوقعة. سأقدم لك شرحًا مفصلًا للكود وأقتراحات لتحسينه.

أولاً وقبل كل شيء، يجب عليك استخدام اسم المتغير الصحيح في الحلقة الخارجية (file2)، حيث قد قمت باستخدام اسم out بدلاً من file2. بالإضافة إلى ذلك، يجب أن يكون لديك قائمة (List) لتخزين جميع البروتينات المتطابقة قبل كتابتها في ملف جديد.

فيما يلي نسخة معدلة من الشيفرة البرمجية الخاصة بك:

pythonCopy code
# قم بفتح ملف file1 للقراءة
with open('file1', 'r') as file1:
    # قائمة لتخزين البروتينات المتطابقة
    matching_proteins = []

    # اقرأ السطور من ملف file1
    for line in file1:
        # قم بتنظيف السطر وتقسيمه
        line = line.strip().split()

        # افتح ملف file2 للقراءة
        with open('file2', 'r') as file2:
            # اقرأ السطور من ملف file2
            for l in file2:
                # قم بتنظيف السطر وتقسيمه
                l = l.strip().split()

                # قارن البروتينات
                if line[0] == l[0]:
                    # إضافة البروتين إلى القائمة
                    matching_proteins.append(line[0])

# افتح ملف file3 للكتابة
with open('file3', 'w') as file3:
    # كتابة البروتينات المتطابقة إلى ملف file3
    for protein in matching_proteins:
        file3.write("{}\n".format(protein))

هذا التعديل يحل مشكلتك بتخزين البروتينات المتطابقة في قائمة (matching_proteins) ثم كتابتها في ملف جديد (file3). يرجى تجربة هذا الكود وإخباري إذا كانت هناك أي مشاكل أخرى.

بالطبع، سأقدم لك المزيد من المعلومات حول الشيفرة البرمجية والتغييرات التي قمت بها لتحسينها.

1. استخدام with لفتح الملفات:
   قمت باستخدام with statement لفتح الملفات. هذا يضمن أن يتم إغلاق الملفات تلقائيًا بمجرد الانتهاء من استخدامها. هذا يعزز الكفاءة ويحمي من نسيان إغلاق الملف.

   pythonCopy code
   with open('file1', 'r') as file1:
       # كود معالجة ملف file1
   

   وكذلك للملفات file2 و file3.

2. استخدام قائمة (matching_proteins) لتخزين النتائج:
   قمت بإنشاء قائمة matching_proteins لتخزين جميع البروتينات المتطابقة بين الملفين. هذا يجعل من السهل إدارة النتائج واستخدامها فيما بعد.

   pythonCopy code
   matching_proteins = []
   

3. كتابة النتائج في ملف جديد (file3):
   بدلاً من كتابة كل بروتين منفصل في ملف file3، قمت بتكوين القائمة matching_proteins وثم كتابة القائمة كاملة في الملف. هذا يقلل من عدد عمليات الكتابة ويحسن الأداء.

   pythonCopy code
   with open('file3', 'w') as file3:
       for protein in matching_proteins:
           file3.write("{}\n".format(protein))
   

4. تحسين التنسيق والتباين في الشيفرة:
   قمت بتحسين التنسيق والتباين في الشيفرة لجعلها أكثر قراءة وفهمًا. هذا يساعد في صيانة الشيفرة على المدى الطويل ويجعلها أكثر أناقة.

   مثال:

   pythonCopy code
   for protein in matching_proteins:
       file3.write("{}\n".format(protein))
   

   هذا هو توضيح إضافي للتعديلات التي تم إجراؤها على الشيفرة البرمجية. أتمنى أن تكون هذه التفاصيل إضافية قيمة لك، وإذا كان لديك أي أسئلة إضافية أو تعديلات تحتاج إليها، فلا تتردد في طرحها.