تواجه قادة المؤسسات العديد من التحديات في إدارة نظم المعلومات الإدارية، وهي كالتالي:
1- الحفاظ على أمن وسرية البيانات والمعلومات المخزنة داخل نظام المعلومات الإدارية.
2- تحسين أداء نظام المعلومات الإدارية وتقليل وقت التحميل وزيادة سرعة النظام.
3- الحفاظ على استقرار النظام وتجنب حدوث أي أخطاء تقنية أو تعطل في النظام.
4- ضمان تعامل نظام المعلومات الإدارية مع تقنية المعلومات الحديثة والتكنولوجيا الجديدة بشكل مستمر.
5- بناء وصيانة البنية التحتية اللازمة لنظام المعلومات الإدارية.
6- تحسين نوعية البيانات المدخلة داخل نظام المعلومات الإدارية وضمان دقتها وتحديثها بشكل مستمر.
7- تدريب الموظفين على استخدام نظام المعلومات الإدارية بشكل صحيح وإتقانها لتحسين أدائهم في العمل.
8- الإشراف على توافق نظام المعلومات الإدارية مع القوانين القانونية والتشريعية في المنطقة.